grep

只要出现gene字眼都查找出

精确查找，一个单词一个单词的搜索

用于找文件前缀

到file文件里面查找关键词
grep -w -f file

-n显示行号

正则表达式

• 只查找以“T”开头的行

  
  

  

• 模糊匹配的方法 f*ee

  
  

  

• grep 'f?ee' 其中 \是转义符
  表示f可以出现0次或1次， 查找fee 或者ee

• • 匹配1次或多次
    grep 're+'
    表示e可以出现1次或多次，查找 ree, re, ree等

• {n}匹配n次

  
  

  

• 列出以*结尾的文件

  
  

  

• 一般情况下*可以当做通配符

• *表示出现0次或者1次

  
  

  

sed

1，练习题目

从第二行开始，使用y函数，ATCG对应TAGC，如果想要保存，利用重定向命令

awk

awk定义

循环语句

先匹配外显子的exon的行，第五列减去第四列

当用cut命令取第九列的时候，取得很多

基因前后的空格都被分割了，取出来

所以需要重新定义分隔符

-F分隔符被重新定义为制表符

打印关于UTR的所有列出来

print和print end 类似于在开头结尾加注释