可以使用jupyter notebook直接将相同文件夹中的指定二维sdf文件得到3D格式的sdf

产生3D构象前，需要为分子添加H原子。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

sdf = Chem.SDMolSupplier('输入名称.sdf')#读入
mols = [i for i in sdf if i]

SDFfile = Chem.SDWriter('输出名称.sdf') #3D分子
for i,m in enumerate(mols):
    print(i)
   
    mol = AllChem.AddHs(m)
    AllChem.EmbedMolecule(mol)
    AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)
    
    SDFfile.write(mol)
SDFfile.close()