在debug/run configuration中，需要选择working directory, 默认是${workspace_loc:projectname},也可以改为${workspace_loc:projectname/bin}，表示程序中当前目录或‘.'所表示的路径。

Java Build Path:

选中的source folder将会被输出到output folder, 你要可以在选中的source folder中增加一些Exluded 来排除一些子目录