stringtie官网提供了prepDE.py文件，用于提取表达矩阵gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv.

通过修改prepDE.py的部分代码，可以用同样的方法提取fpkm和tpm。
如果懒得看代码、改代码，可以直接下载我修改好的。

用法如下

进入ballgown文件夹（由stringtie生成，包含所有样本），将prepDE.py/getFPKM.py/getTPM.py脚本拷贝至当前文件夹，

cp /……/prepDE.py ./

使用python命令直接运行脚本，注意需要使用python2

python prepDE.py

输出结果分别为：
gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv
gene_fpkm_matrix.csv和transcript_fpkm_matrix.csv
gene_tpm_matrix.csv 和 transcript_tpm_matrix.csv

注：ballgown文件夹中除了stringtie输出的文件夹，不能包含其他文件夹，否则会报错。