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R包vegan的群落对应分析(CA)

醉倾城1 2022-01-31 阅读 24

对应分析(Correspondence Analysis,CA)在群落分析中常用于物种组成数据,排序结果展示的是样方间χ2距离。χ2距离不受双零问题的影响,适用于原始物种多度数据(和PCA相比,物种多度数据无需转化)。

CA分析对象必须是频度或类频度、同量纲的非负数据,如物种个体计数或有-无数据。

对于CA的基本概念描述及其在群落分析中的应用,可参考前文。

本篇以某16S扩增子测序所得细菌群落数据,简介在R中执行CA的过程。

示例文件、R脚本等,已上传至百度盘:

https://pan.baidu.com/s/1YEsOIxgk8VWEjJ5KDRdLBA

文件“phylum_table.txt”为通过16S测序所得的细菌类群丰度表格,统计至细菌“门水平”(即界门纲目科属种的“门”这一水平)。我未使用OTU水平的,仅方便用于CA的展示;并且,作为示例,暂且忽略本数据更适用线性模型还是单峰模型

CA分析

通过C

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