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系统的CPU使用率很高但无法找到高CPU应用

问题:当你发现系统的CPU使用率很高的时候,不一定找到对应的高CPU使用率的进程。

一、案例分析

  • 环境准备&配置
    本次案例还是基于 Ubuntu 18.04,同样适用于其他的 Linux 系统。
  • 机器配置:2 CPU,8GB内存
  • 预先安装​​docker​​​、​​sysstat​​​、​​perf​​​、​​ab​​​ 等工具,如​​apt install docker.io sysstat linux-tools-common apache2-utils​

​ab(apache bench)​​​是一个常用的 HTTP 服务性能测试工具,这里同样用来模拟 Nginx 的客户端。由于 Nginx 和 PHP 的配置比较麻烦,所以把它们打包成了两个 ​​Docker 镜像​​,这样只需要运行两个容器,就可以得到模拟环境。

案例示意图:

系统的CPU使用率很高但无法找到高CPU应用_短时进程导致CPU使用率升高

  • 一台用作 Web 服务器,来模拟性能问题;
  • 另一台用作 Web 服务器的客户端,来给 Web 服务增加压力请求。

二、操作分析

2.1、终端一:执行下面命令运行 Nginx 和 PHP 应用

$ git clone git@gitee.com:liushiju/linux_performance_examples.git
$ cd linux_performance_examples/nginx-short-process
$ make build

$ make run
or
$ docker run --name nginx -p 10000:80 -itd liushiju/nginx:sp
$ docker run --name phpfpm -itd --network container:nginx liushiju/php-fpm:sp

2.2、终端二:使用 curl 访问 ​​http://[VM1 的 IP]:10000​​,确认 Nginx 已正常启动。你应该可以看到 It works! 的响应。

# 192.168.0.10是第一台虚拟机的IP地址
$ curl http://192.168.0.10:10000/
It works!

接着,测试 Nginx 服务器的性能,在终端二下运行 ab 命令。

# 并发100个请求测试Nginx性能,总共测试1000个请求
$ ab -c 100 -n 1000 http://192.168.0.10:10000/
This is ApacheBench, Version 2.3 <$Revision: 1706008 $>
Copyright 1996 Adam Twiss, Zeus Technology Ltd,
...
Requests per second: 87.86 [#/sec] (mean)
Time per request: 1138.229 [ms] (mean)
...

从 ab 的输出结果我们可以看到,Nginx 能承受的每秒平均请求数,只有 87 多一点,是不是感觉它的性能有点差。那么,到底是哪里出了问题呢?我们再用 top 和 pidstat 来观察一下。

2.3、终端二:将测试的并发请求数改成 5,同时把请求时长设置为 10 分钟(-t 600),确保终端一使用性能分析工具时, Nginx 的压力还是继续的

$ ab -c 5 -t 600 http://192.168.0.10:10000/

2.4、终端一:运行​​top​​命令,观察系统的 CPU 使用情况

$ top
...
%Cpu(s): 80.8 us, 15.1 sy, 0.0 ni, 2.8 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 1.3 si, 0.0 st
...

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
6882 root 20 0 8456 5052 3884 S 2.7 0.1 0:04.78 docker-containe
6947 systemd+ 20 0 33104 3716 2340 S 2.7 0.0 0:04.92 nginx
7494 daemon 20 0 336696 15012 7332 S 2.0 0.2 0:03.55 php-fpm
7495 daemon 20 0 336696 15160 7480 S 2.0 0.2 0:03.55 php-fpm
10547 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 2.0 0.2 0:03.13 php-fpm
10155 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 1.7 0.2 0:03.12 php-fpm
10552 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 1.7 0.2 0:03.12 php-fpm
15006 root 20 0 1168608 66264 37536 S 1.0 0.8 9:39.51 dockerd
4323 root 20 0 0 0 0 I 0.3 0.0 0:00.87 kworker/u4:1
...

观察 top 输出的进程列表可以发现,CPU 使用率最高的进程也只不过才 2.7%,看起来并不高。

然而,再看系统 CPU 使用率( %Cpu )这一行,你会发现,系统的整体 CPU 使用率是比较高的:用户 CPU 使用率(us)已经到了 80%,系统 CPU 为 15.1%,而空闲 CPU (id)则只有 2.8%。

疑问:为什么用户 CPU 使用率这么高呢?

再重新分析一下进程列表,看看有没有可疑进程:

  • ​docker-containerd​​ 进程是用来运行容器的,2.7% 的 CPU 使用率看起来正常;
  • ​Nginx​​​ 和​​php-fpm​​ 是运行 Web 服务的,它们会占用一些 CPU 也不意外,并且 2% 的 CPU 使用率也不算高;
  • 再往下看,后面的进程呢,只有 0.3% 的 CPU 使用率,看起来不太像会导致用户 CPU 使用率达到 80%。

那就奇怪了,明明用户 CPU 使用率都 80% 了,可我们挨个分析了一遍进程列表,还是找不到高 CPU 使用率的进程。看来 top 是不管用了,那还有其他工具可以查看进程 CPU 使用情况吗? ​​pidstat​​,它可以用来分析进程的 CPU 使用情况。

2.5、终端一:运行 pidstat 命令

# 间隔1秒输出一组数据(按Ctrl+C结束)
$ pidstat 1
...
04:36:24 UID PID %usr %system %guest %wait %CPU CPU Command
04:36:25 0 6882 1.00 3.00 0.00 0.00 4.00 0 docker-containe
04:36:25 101 6947 1.00 2.00 0.00 1.00 3.00 1 nginx
04:36:25 1 14834 1.00 1.00 0.00 1.00 2.00 0 php-fpm
04:36:25 1 14835 1.00 1.00 0.00 1.00 2.00 0 php-fpm
04:36:25 1 14845 0.00 2.00 0.00 2.00 2.00 1 php-fpm
04:36:25 1 14855 0.00 1.00 0.00 1.00 1.00 1 php-fpm
04:36:25 1 14857 1.00 2.00 0.00 1.00 3.00 0 php-fpm
04:36:25 0 15006 0.00 1.00 0.00 0.00 1.00 0 dockerd
04:36:25 0 15801 0.00 1.00 0.00 0.00 1.00 1 pidstat
04:36:25 1 17084 1.00 0.00 0.00 2.00 1.00 0 stress
04:36:25 0 31116 0.00 1.00 0.00 0.00 1.00 0 atopacctd
...

观察一会儿,可以发现,所有进程的 CPU 使用率也都不高啊,最高的 Docker 和 Nginx 也只有 4% 和 3%,即使所有进程的 CPU 使用率都加起来,也不过是 21%,离 80% 还差得远呢!

出现这种情况,很可能是因为前面的分析漏了一些关键信息。

2.6、终端一:重新运行 top 命令,并观察一会

$ top
top - 04:58:24 up 14 days, 15:47, 1 user, load average: 3.39, 3.82, 2.74
Tasks: 149 total, 6 running, 93 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
%Cpu(s): 77.7 us, 19.3 sy, 0.0 ni, 2.0 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 1.0 si, 0.0 st
KiB Mem : 8169348 total, 2543916 free, 457976 used, 5167456 buff/cache
KiB Swap: 0 total, 0 free, 0 used. 7363908 avail Mem

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
6947 systemd+ 20 0 33104 3764 2340 S 4.0 0.0 0:32.69 nginx
6882 root 20 0 12108 8360 3884 S 2.0 0.1 0:31.40 docker-containe
15465 daemon 20 0 336696 15256 7576 S 2.0 0.2 0:00.62 php-fpm
15466 daemon 20 0 336696 15196 7516 S 2.0 0.2 0:00.62 php-fpm
15489 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 2.0 0.2 0:00.62 php-fpm
6948 systemd+ 20 0 33104 3764 2340 S 1.0 0.0 0:00.95 nginx
15006 root 20 0 1168608 65632 37536 S 1.0 0.8 9:51.09 dockerd
15476 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 1.0 0.2 0:00.61 php-fpm
15477 daemon 20 0 336696 16200 8520 S 1.0 0.2 0:00.61 php-fpm
24340 daemon 20 0 8184 1616 536 R 1.0 0.0 0:00.01 stress
24342 daemon 20 0 8196 1580 492 R 1.0 0.0 0:00.01 stress
24344 daemon 20 0 8188 1056 492 R 1.0 0.0 0:00.01 stress
24347 daemon 20 0 8184 1356 540 R 1.0 0.0 0:00.01 stress
...

这次从头开始看 top 的每行输出,Tasks 这一行看起来有点奇怪,就绪队列中居然有 6 个 Running 状态的进程(6 running),是不是有点多呢?

回想一下 ab 测试的参数,并发请求数是 5。再看进程列表里, php-fpm 的数量也是 5,再加上 Nginx,好像同时有 6 个进程也并不奇怪。但真的是这样吗?

再仔细看进程列表,这次主要看 Running(R) 状态的进程。你有没有发现, Nginx 和所有的 php-fpm 都处于 Sleep(S)状态,而真正处于 Running(R)状态的,却是几个 stress 进程。这几个 stress 进程就比较奇怪了,需要我们做进一步的分析。

我们还是使用 pidstat 来分析这几个进程,并且使用 -p 选项指定进程的 PID。首先,从上面 top 的结果中,找到这几个进程的 PID。比如,先随便找一个 24344,然后用 pidstat 命令看一下它的 CPU 使用情况:

$ pidstat -p 24344

16:14:55 UID PID %usr %system %guest %wait %CPU CPU Command

奇怪,居然没有任何输出。难道是 pidstat 命令出问题了吗?在怀疑性能工具出问题前,最好还是先用其他工具交叉确认一下。那用什么工具呢? ps 应该是最简单易用的。我们在终端里运行下面的命令,看看 24344 进程的状态:

# 从所有进程中查找PID是24344的进程
$ ps aux | grep 24344
root 9628 0.0 0.0 14856 1096 pts/0 S+ 16:15 0:00 grep --color=auto 24344

还是没有输出。现在终于发现问题,原来这个进程已经不存在了,所以 pidstat 就没有任何输出。既然进程都没了,那性能问题应该也跟着没了吧。我们再用 top 命令确认一下:

$ top
...
%Cpu(s): 80.9 us, 14.9 sy, 0.0 ni, 2.8 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 1.3 si, 0.0 st
...

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
6882 root 20 0 12108 8360 3884 S 2.7 0.1 0:45.63 docker-containe
6947 systemd+ 20 0 33104 3764 2340 R 2.7 0.0 0:47.79 nginx
3865 daemon 20 0 336696 15056 7376 S 2.0 0.2 0:00.15 php-fpm
6779 daemon 20 0 8184 1112 556 R 0.3 0.0 0:00.01 stress
...

好像又错了。结果还跟原来一样,用户 CPU 使用率还是高达 80.9%,系统 CPU 接近 15%,而空闲 CPU 只有 2.8%,Running 状态的进程有 Nginx、stress 等。

可是,刚刚我们看到 stress 进程不存在了,怎么现在还在运行呢?再细看一下 top 的输出,原来,这次 stress 进程的 PID 跟前面不一样了,原来的 PID 24344 不见了,现在的是 6779。

进程的 PID 在变,这说明什么呢?在我看来,要么是这些进程在不停地重启,要么就是全新的进程,这无非也就两个原因:

  • 第一个原因,进程在不停地崩溃重启,比如因为段错误、配置错误等等,这时,进程在退出后可能又被监控系统自动重启了。
  • 第二个原因,这些进程都是短时进程,也就是在其他应用内部通过 exec 调用的外面命令。这些命令一般都只运行很短的时间就会结束,你很难用 top 这种间隔时间比较长的工具发现(上面的案例,我们碰巧发现了)。

至于 stress,它是一个常用的压力测试工具。它的 PID 在不断变化中,看起来像是被其他进程调用的短时进程。要想继续分析下去,还得找到它们的父进程。

$ pstree | grep stress
|-docker-containe-+-php-fpm-+-php-fpm---sh---stress
| |-3*[php-fpm---sh---stress---stress]

从这里可以看到,stress 是被 php-fpm 调用的子进程,并且进程数量不止一个(这里是 3 个)。找到父进程后,我们能进入 app 的内部分析了。

首先,当然应该去看看它的源码。运行下面的命令,把案例应用的源码拷贝到 app 目录,然后再执行 grep 查找是不是有代码再调用 stress 命令:

# 拷贝源码到本地
$ docker cp phpfpm:/app .

# grep 查找看看是不是有代码在调用stress命令
$ grep stress -r app
app/index.php:// fake I/O with stress (via write()/unlink()).
app/index.php:$result = exec("/usr/local/bin/stress -t 1 -d 1 2>&1", $output, $status);

找到了,果然是 app/index.php 文件中直接调用了 stress 命令。

再看看​​app/index.php​​ 的源代码:

$ cat app/index.php
<?php
// fake I/O with stress (via write()/unlink()).
$result = exec("/usr/local/bin/stress -t 1 -d 1 2>&1", $output, $status);
if (isset($_GET["verbose"]) && $_GET["verbose"]==1 && $status != 0) {
echo "Server internal error: ";
print_r($output);
} else {
echo "It works!";
}
?>

可以看到,源码里对每个请求都会调用一个 stress 命令,模拟 I/O 压力。从注释上看,stress 会通过 write() 和 unlink() 对 I/O 进程进行压测,看来,这应该就是系统 CPU 使用率升高的根源了。

还得继续往下走。从代码中可以看到,给请求加入 verbose=1 参数后,就可以查看 stress 的输出。你先试试看,在第二个终端运行:

$ curl http://192.168.0.10:10000?verbose=1
Server internal error: Array
(
[0] => stress: info: [19607] dispatching hogs: 0 cpu, 0 io, 0 vm, 1 hdd
[1] => stress: FAIL: [19608] (563) mkstemp failed: Permission denied
[2] => stress: FAIL: [19607] (394) <-- worker 19608 returned error 1
[3] => stress: WARN: [19607] (396) now reaping child worker processes
[4] => stress: FAIL: [19607] (400) kill error: No such process
[5] => stress: FAIL: [19607] (451) failed run completed in 0s
)

看错误消息 mkstemp failed: Permission denied,以及 failed run completed in 0s。原来 stress 命令并没有成功,它因为权限问题失败退出了。看来,我们发现了一个 PHP 调用外部 stress 命令的 bug:没有权限创建临时文件。

从这里我们可以猜测,正是由于权限错误,大量的 stress 进程在启动时初始化失败,进而导致用户 CPU 使用率的升高。

分析出问题来源,下一步是不是就要开始优化了呢?当然不是!既然只是猜测,那就需要再确认一下,这个猜测到底对不对,是不是真的有大量的 stress 进程。该用什么工具或指标呢?

我们前面已经用了 ​​top​​、​​pidstat​​、​​pstree​​ 等工具,没有发现大量的 stress 进程。那么,还有什么其他的工具可以用吗?

perf 它可以用来分析 CPU 性能事件,用在这里就很合适。依旧在第一个终端中运行 ​​perf record -g​​ 命令 ,并等待一会儿(比如 15 秒)后按 Ctrl+C 退出。然后再运行 perf report 查看报告:

# 记录性能事件,等待大约15秒后按 Ctrl+C 退出
$ perf record -g

# 查看报告
$ perf report

下图这个性能报告

系统的CPU使用率很高但无法找到高CPU应用_CPU使用率高应用_02

可以看到 stress 占了所有 CPU 时钟事件的 77%,而 stress 调用调用栈中比例最高的,是随机数生成函数 random(),看来它的确就是 CPU 使用率升高的元凶了。随后的优化就很简单了,只要修复权限问题,并减少或删除 stress 的调用,就可以减轻系统的 CPU 压力。

当然,实际生产环境中的问题一般都要比这个案例复杂,在你找到触发瓶颈的命令行后,却可能发现,这个外部命令的调用过程是应用核心逻辑的一部分,并不能轻易减少或者删除。

这时,你就得继续排查,为什么被调用的命令,会导致 CPU 使用率升高或 I/O 升高等问题。

最后,在案例结束时,不要忘了清理环境,执行下面的 Docker 命令,停止案例中用到的 Nginx 进程:

$ docker rm -f nginx phpfpm

三、execsnoop

在这个案例中,我们使用了 ​​top​​​、​​pidstat​​​、​​pstree​​ 等工具分析了系统 CPU 使用率高的问题,并发现 CPU 升高是短时进程 stress 导致的,但是整个分析过程还是比较复杂的。对于这类问题,有没有更好的方法监控呢?

​​execsnoop​​ 就是一个专为短时进程设计的工具。它通过 ftrace 实时监控进程的 exec() 行为,并输出短时进程的基本信息,包括进程 PID、父进程 PID、命令行参数以及执行的结果。

比如,用 execsnoop 监控上述案例,就可以直接得到 stress 进程的父进程 PID 以及它的命令行参数,并可以发现大量的 stress 进程在不停启动:

# 按 Ctrl+C 结束
$ execsnoop
PCOMM PID PPID RET ARGS
sh 30394 30393 0
stress 30396 30394 0 /usr/local/bin/stress -t 1 -d 1
sh 30398 30393 0
stress 30399 30398 0 /usr/local/bin/stress -t 1 -d 1
sh 30402 30400 0
stress 30403 30402 0 /usr/local/bin/stress -t 1 -d 1
sh 30405 30393 0
stress 30407 30405 0 /usr/local/bin/stress -t 1 -d 1
...

execsnoop 所用的 ftrace 是一种常用的动态追踪技术,一般用于分析 Linux 内核的运行时行为

四、小结

碰到常规问题无法解释的 CPU 使用率情况时,首先要想到有可能是短时应用导致的问题,比如有可能是下面这两种情况。

  • 第一,应用里直接调用了其他二进制程序,这些程序通常运行时间比较短,通过 top 等工具也不容易发现。
  • 第二,应用本身在不停地崩溃重启,而启动过程的资源初始化,很可能会占用相当多的 CPU。

对于这类进程,我们可以用 pstree 或者 execsnoop 找到它们的父进程,再从父进程所在的应用入手,排查问题的根源。

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