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第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读


大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。

计划分为三篇文章:

  • ​​第一篇:Haploview做单倍型教程1–软件安装​​
  • ​​第二篇:Haploview做单倍型教程2–分析教程​​
  • 第三篇:Haploview做单倍型教程3–结果解读

今天是第三篇。

1. LDblock整体结果

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_数据分析


上图就是最常见的LDblock,该图的结果解读。

2. SNP在染色体的分布

最上面是SNP的物理位置,有些是均匀的,有些是不均匀的

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_数据分析_02

3. SNP的名称信息

中间是SNP的名称,用细线联系在一起

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_软件安装_03

4. block解释

最下面红白的正方形是LD值的可视化,每一个正方形是两两SNP的LD结果,颜色越淡说明LD值越小,如果相邻的SNP之间的LD大于某个阈值(比如0.9),那么就构成一个block,下图中的两个红框里面的黑框,就是两个LDblock,第一个block包括的SNP有10,11,12三个SNP,block的距离为82kb,第二个block包括两个snp,包括14和15两个snp,block的距离为32kb。

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_r语言_04

5. 查看block的频率和他们之间的联系

下图中,第一个block中,一共三个SNP,单倍型分别是:TTC,TTA,CCA,TCA,他们的频率分别是0.548,0.281,0.09和0.078,它们的频率之和为1。第二个block一共有两个SNP,单倍型分别是AG,GA和AA,频率分别是0.402,0.565,0.034,他们之间的频率之和为1.

最下面的0.67是两个block的关联,两个block的线是两者的关联性,线条越黑,说明关联性越强。

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_r语言_05

6. 查看TaggerSNP

这里有两个block,可以选择两个TaggerSNP代表这两个block

第三篇:Haploview做单倍型教程3--结果解读_r语言_06


上面就是LDblock的系列教程,如果大家有问题,可以关注:数据分析之放飞自我,进一步了解相关内容。


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