思科设备也默认开启生成树协议，不过不同于华为和华三设备默认开启MSTP，思科设备默认开启的是PVST（每个VLAN一棵生成树），每个VLAN一棵生成树拓扑意味着可以灵活地调整生成树的拓扑，而华为和华三设备要实现该功能需要使用MSTP。生成树协议的三种模式和各厂商默认运行的模式对比如图所示，白色字体代表默认的生成树模式。
在思科设备上配置生成树协议拓扑如图所示，在园区网的SW1到SW3上配置标准生成树协议以防止二层环路的产生。调整思科设备生成树模式，使得SW1成为VLAN8、VLAN10、VLAN11的根设备，SW1成为VLAN1、VLAN9、VLAN12和VLAN99的备份根设备。
调整思科设备生成树，使得SW2成为VLAN1、VLAN9、VLAN12和VLAN99的根设备，SW2成为VLAN 8、VLAN10、VLAN11的备份根设备，完成多个VLAN的互为主备架构。在设备上配置边缘端口，从而加快生成树的收敛速度，提高网络品质。在网络边界配置BPDU保护功能，保护生成树网络不受。