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TASSEL软件导入plink格式文件报错

Jonescy 2022-08-13 阅读 18


之前介绍过Excel的SNP数据(​​Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式​​),转为plink的方法,如果要导入plink格式中,会报错:

报错:显示超过区间

problem: string index out of range: 30 file

TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据

因为plink编码的是AA TT的格式,变为A A T T的格式才可以。

报错的plink数据:可以看到GG CC两个是连续的。

TASSEL软件导入plink格式文件报错_大数据_02

用​​--recode​​处理一下,变为test再进行读取:

plink --file file --recode --out test

TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据_03


查看正确的plink格式:

TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据_04

使用TASSEL读取:

TASSEL软件导入plink格式文件报错_大数据_05

TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据_06


TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据_07

读取成功:

TASSEL软件导入plink格式文件报错_数据_08

搞定!!!


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