【01】miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结
【02】首先了解一下circRNA背景知识
收集整理好的circRNA相关数据库【见原文】
【03】circRNA芯片分析的一般流程
【04】circRNA-seq分析的一般流程
【05】circRNA_ID转化
以上就是三种主流的circRNA_ID，基本涵盖了论文中提及的ID；安捷伦circRNA芯片使用6位数ID，我们实验室测序结果使用的7位数ID，当然除此三种外，还有一些其他的circRNA_ID命名方式，欢迎各路大神补充。
【06】十行代码完成circRNA多种ID相互转换
library(data.table)
a=fread('probeMatrix.txt',data.table = F)
a[1:4,1:4]
b=read.table('ann.txt',sep = '\t',header = T)
tail(head(b,20))
d=merge(a,b,by.x='ID_REF',by.y='ID')
e=read.table('ID.txt',header = T)
head(e)
f=merge(e,d,by='circRNA')
head(f[,1:6])