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利用VARNA来画RNA的二级结构

诗尚凝寒 2022-03-11 阅读 407

1 tRNA的结构与功能

  转运RNA(Transfer RNA),简称为tRNA,是由70~90个核苷酸组成的单链,tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序,通过折叠形成二级结构,三叶草状。它是在细胞核中一小部分DNA上合成的,罗伯特·W·霍利在1965年提出了tRNA的三叶草模型,三叶草有三个褶皱,四个臂,即反密码子臂(anticodon arm),D臂(d arm),TΨC臂(tc arm)和氨基酸受体臂(amino acid acceptor arm)。除了这四个臂,还有一个可变臂(variable arm),呈弓形。

tRNA的二级结构

2 软件简介

  VARNA是一个绘制RNA二级结构的java程序。官方网址如下:http://varna.lri.fr/。

在这里插入图片描述

3 下载安装

3.1 Java环境的下载安装

  进入官网后,点击左上方的Downloads,如果电脑还没有安装java的话,可以点击当前页面的Requirments后紧跟的那段话的最后标有颜色的超链接,Sun’s JAVA site。

在这里插入图片描述
  点击红色的Agree and Start Free Download按钮,即可安装JAVA。

3.2 VARNA软件的安装

在这里插入图片描述
  点击该界面的JAVA web start version窗口。正常下载后双击运行,如果弹出下方报错,需要将该网站添加到Java的“例外站点”列表中。

在这里插入图片描述

解决报错

  Windows操作系统,搜索“配置Java”,启动java控制面板,

在这里插入图片描述

  点击“安全” -> “编辑站点列表”,将该网址(http://varna.lri.fr)添加进去,-> “确定”。

再重新点击该程序就能进去了。

在这里插入图片描述

4 运行

  将tRNA的序列放到最上方Seq文本框中,将tRNA二级结构预测的结果填在下方Str文本框中。

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