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RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation

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对于预测到的novel miRNA,也就是新的miRNA, 我们会想要知道其二级结构。对于RNA的二级结构,最直观的肯定是用图片表示,示意如下

RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation_数据库
上图表示的是一个miRNA前体,即pri-miRNA, 有一个典型的茎环结构,除此之外,其他的碱基都是互补配对的。

图片对于分析人员是特别直观的,但是对于软件而言,就无法识别了。为了让程序识别RNA二级结构,专门开发出了一种表示方式,用点号和括号这两种符号来表示对应的二级结构。

该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思想是利用配对的括号来表示碱基的互补配对,用连续的点号来表示茎环结构,对于下图所示的二级结构

RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation_数据库_02
对应的表达式如下

(((..((((...)))).)))

从第一个黑色圆点对应的碱基开始,一开始是3个配对碱基,所以先用3个​​(​​​表示,接下来是茎环结构中未配对的两个碱基,用2个​​.​​​表示,然后是4个配对碱基,再然后是未配对的3个碱基,再往后的配对碱基与前面左括号​​(​​​表示的碱基相配对,所以用右括号​​)​​表示。

这种表示方式只采用了两种符号,而且都是计算机可以识别的符号,所以软件也可以识别,在很多软件和数据库中,给出的二级结构都会用这种方式来表示。

·end·

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RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation_二级_03

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